Tras la reforma de los estatutos de la CIE, la aprobación de dichos cambios e inscripción de los mismos en el Registro de Entidades Religiosas, El año 2016 fue el primero en que la CIE obtuvo financiación de la Fundación Pluralismo y Convivencia, para su proyecto propio.
Al ser el primer año, el importe recibido fue menor, logrando afianzar el proyecto y obtener más financiación en años posteriores.
Este año fue el primer año en que la CIE tuvo que presentar un proyecto global de Línea 1, esto es, su propio proyecto, junto con los proyectos del resto de federaciones que aspiraban a recibir ayudas, en un proyecto único, para que la Fundación Pluralismo y Convivencia decidiera, atendiendo a la concurrencia competitiva, y a los criterios de la convocatoria de ayudas, qué proyectos de Línea 1 y Línea 2 eran subvencionados, y con qué importes se subvencionaban los mismos.
Al ser el primer año que la CIE recibió subvención directa, el importe recibido fue muy limitado, como se puede ver en el desglose, siendo las federaciones FEERI y UCIDE las que recibieron el grueso del importe por Línea 1, y continuando la financiación de comunidades islámicas por Línea 2.
En 2016 también se recibió una subvención del Ministerio del Interior destinada al apoyo de la asistencia religiosa en centros penitenciarios de carácter estatal, siendo destinada en su totalidad a compensar los gastos de desplazamiento, gastos administrativos y materiales de los imames que realizaron la atención en distintos centros en distintos puntos de España.
El desglose de los importes recibidos se pueden consultar a continuación: