La Junta Directiva es el órgano colegiado que dirige la Comisión Islámica de España cuando la Comisión Permanente no está reunida. Es el que ha de coordinar el funcionamiento ordinario de la entidad y es elegida por el Presidente, de entre los miembros de la Comisión Permanente, a través de la votación de una candidatura consensuada de manera proporcional a la representación de las entidades en la misma.
La Junta Directiva está compuesta por:
- Presidente: Dr. Aiman Adlbi
- Secretario: D. Mohamed Ajana
- Vicesecretario: D. Laarbi Al·lal
- Tesorero: D. Abdeslam Elhinda
- Vicetesorero: D. Ihab Fahmy
- Vocal: D. Adel Najjar
- Vocal: D. A. Yamán Omar
- Vocal: D. Ahmed Faaisse
- Vocal: D. Fouad Borni
- Vocal: D. Lahsen El Hímer
- Vocal: D. Mahfouz S. M. Abu Mahfouz
- Vocal: Dña. Mariam D. Cuenca
- Vocal: D. Mohamed Bouzarad
- Vocal: D. Muhammad Kaleem
- Vocal: D. Mustafa Abdeselam