La figura parcialmente descentralizada de la Comisión Islámica de España permite la existencia de delegados territoriales que, organizados en el ámbito autonómico, sirven como instrumento para el ejercicio de acciones conjuntas y el mantenimiento de un diálogo con las autoridades competentes. Sus funciones son desarrollar y aplicar el Acuerdo de Cooperación en el ámbito autonómico, realizar acuerdos autonómicos específicos y posibilitar acciones conjuntas entre mezquitas.